O governo de Fernando Henrique foi marcado pela política neoliberal, com a abertura da economia para o mercado externo, as privatizações e a diminuição da participação do Estado na economia. Algumas medidas foram tomadas para equilibrar os gastos e a arrecadação pública, como a reforma da Previdência Social, que aumentou a idade mínima para a aposentadoria, e a Lei de Responsabilidade Fiscal. Ocorreram privatizações no setor energético (Vale do Rio Doce) e de telecomunicações (Telebras), entre outros. Muitos críticos apontaram irregularidades no processo de privatização, como o favorecimento de grupos ligados ao governo e o uso de recursos públicos, mas a grande base aliada do Congresso Nacional não levou as denúncias adiante e ainda votou uma emenda constitucional que possibilitava a reeleição do presidente. Em 1998, Fernando Henrique foi reeleito, vencendo novamente o candidato Lula.

O segundo mandato de FHC foi marcado pela desvalorização do real em relação ao dólar, pelo aumento da inflação e do desemprego e pela ocorrência de apagões de energia elétrica (em 2001 e 2002), decorrentes da falta de investimento na produção de energia. O crescimento econômico foi mínimo, e a especulação do capital externo - que, em momentos de crise, retira os investimentos do país - deixava o Brasil dependente do Fundo Monetário Internacional (FMI). Na área social, o desemprego aumentou o mercado informal nas cidades, enquanto no campo ocorriam conflitos por terra, mobilizando o Movimento dos Trabalhadores Sem Terra (MST), que exigia a reforma agrária. Alguns programas sociais foram implantados, como o bolsa-escola, o vale-gás e o bolsa-alimentação. Na educação, foi criado o Fundo de Manutenção e Desenvolvimento do Ensino Fundamental e Valorização do Magistério (Fundef). Na saúde, os remédios contra o vírus HIV tornaram-se gratuitos, a produção de medicamentos genéricos foi incentivada e aumentaram as campanhas de vacinação infantil.